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Que leur action soit bénéfique ou néfaste, les microbes sont au cœur de la vie et du fonctionnement des écosystèmes. Tous invisibles à l’œil nu, mais de tailles très diverses à leur échelle, les microbes, ou micro-organismes, regroupent les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons microscopiques : de grandes familles, chacune composée de milliers d’espèces différentes, dont la science n’a encore que partiellement fait la connaissance.
Utiles à la fermentation des yaourts comme à la croissance des végétaux, responsables de maladies infectieuses autant que garants de la bonne santé des humains et des animaux, les microbes, toutes familles confondues, endossent des rôles d’une incroyable diversité. En Bourgogne – Franche-Comté, les chercheurs sont nombreux à se pencher sur leurs caractéristiques et leurs activités. Les travaux qu’ils mènent dans les domaines de l’environnement, de la médecine et de l’alimentation, tous inclus dans le vaste monde de la microbiologie, sont à l’origine du lancement du projet HARMI1.
HARMI est l’un des 15 lauréats ExcellencES du Programme d’investissement d’avenir (PIA4) élus en novembre 2021, et se voit à ce titre doté d’un budget de 14 millions d’euros sur 10 ans. Ce projet ambitieux est coordonné par le microbiologiste Laurent Philippot, directeur de recherche INRAE au laboratoire Agroécologie de Dijon, secondé par Michel Chalot, professeur de physiologie végétale et microbiologie, et Didier Hocquet, professeur de bactériologie-hygiène, tous deux enseignants à l’université de Franche-Comté et chercheurs au laboratoire Chrono-environnement. « HARMI est un formidable outil pour fédérer en région les équipes, le savoir-faire et le matériel. Son importance en termes de force de recherche est unique en Europe, et le label obtenu aidera à attirer des chercheurs de renommée internationale et à collaborer avec les meilleures équipes dans le monde », explique Michel Chalot.
Le nouveau centre scientifique permettra l’acquisition d’équipements supplémentaires pour les plateformes technologiques concernées, qui bénéficient par ailleurs du soutien financier de la Région. Ces plateformes gagneront en visibilité pour s’ouvrir encore plus au monde industriel. Didier Hocquet souligne à ce propos « l’intérêt et l’importance de renforcer les relations entre les partenaires académiques et les entreprises locales, un point clé du projet ». HARMI favorisera aussi le lien entre recherche et formation. La Graduate School Transbio, qui propose déjà des masters internationaux sur le sol régional, développera les collaborations avec des universités étrangères ; l’organisation de grands séminaires sera favorable à l’émergence d’une culture de la microbiologie en Bourgogne – Franche-Comté.
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Une culture et des résultats scientifiques qui concernent également l’ensemble de la société, pour laquelle des actions collaboratives, une exposition itinérante nationale et des relais d’information sont prévus. Du gène à l’écosystème, l’étude du monde microbien investit différents champs disciplinaires et concerne de nombreuses applications. Michel Chalot et ses coéquipiers s’intéressent à la collaboration entre microbes et végétaux, un fondement du concept de phytomanagement préconisé pour la réhabilitation de sites industriels pollués.
Certains micro-organismes favorisent à la fois la dégradation des polluants organiques et la croissance des végétaux : sélectionnés pour leur intérêt, ils sont produits en masse en laboratoire avant d’être incorporés au sol d’une friche industrielle du Nord Franche-Comté convertie en LivingLab, une expérimentation grandeur nature soutenue par Pays de Montbéliard Agglomération (PMA).
De leur côté, Didier Hocquet et ses collègues spécialistes d’épidémiologie moléculaire analysent le génome de bactéries pathogènes et mènent leurs recherches en lien direct avec le CHU de Besançon. Ils travaillent à la compréhension des épidémies en étudiant la circulation de ces microbes entre l’environnement, les animaux et les hommes. Utiles à l’élaboration des politiques de gestion des épidémies, aussi bien en ville que dans les établissements de soin, ces travaux entrent pleinement dans le champ de la santé globale, un concept défendu de longue date à Chrono-environnement. Très différents, ces deux exemples donnent un aperçu de l’étendue des travaux réalisés en microbiologie dans la sphère régionale.
