Les diagnostics peuvent être globaux ― ils portent sur tous les aspects du fonctionnement de l’entreprise ―, ou thématiques. Les diagnostics thématiques permettent d’examiner un ou plusieurs aspects, notamment le procédé de fabrication, le contrôle de la qualité, la maintenance, les finances, le marketing, la formation et la gestion des ressources humaines, la conception, la gestion des stocks, voire la stratégie de l’entreprise. Ainsi, on pourra réaliser des diagnostics (cf. articles ci-après) stratégiques, organisationnels, financiers, sur les systèmes « qualité », sur l’environnement**… Si le diagnostic ne nécessite pas de référentiel, l’utilisation d’un guide d’entretiens précisant à l’avance les domaines audités et les points à approfondir évitera à la fois des pertes de temps dues à des oublis, des redites, des incohérences, et des difficultés d’interprétation et de synthèse par l’auditeur. Un tel guide ne doit cependant pas limiter strictement et aveuglément les questions. La compétence et l’expérience de l’auditeur sont des éléments fondamentaux pour replacer dans leur contexte les questions et les réponses des différentes personnes auditées.
