Le recours à l’immunosuppression a permis de juguler les phénomènes de rejet lors d’une greffe de rein : les traitements administrés en amont puis au moment de l’intervention mettent en effet l’activité du système immunitaire en sommeil, augmentant ainsi la tolérance du greffon. Mais le rejet du greffon peut survenir des mois, voire des années après la greffe.
Dans le cadre des recherches menées pour en comprendre les raisons et prévenir ce risque, un projet de grande envergure, couronné par une publication scientifique dans la revue de référence Kidney International en 2025, s’est clos sur des résultats aussi originaux et prometteurs que la méthodologie mise en œuvre pour les produire.
Chercheur en immunologie au laboratoire RIGHT à Besançon, Baptiste Lamarthée est l’un des pilotes de cette étude sans précédent : « Dans le cadre d’une analyse multifactorielle lancée par Claire Tinel, aujourd’hui professeure de néphrologie au CHU de Dijon, nous avons mis en évidence des profils moléculaires caractéristiques du rejet de greffe. Ces résultats pourraient, à terme, permettre l’identification de biomarqueurs non invasifs sanguins ou urinaires du rejet de greffe. »
L’étude MOFA (Multi-Omic Factor Analysis) a ainsi compilé toutes les données biologiques issues d’une cohorte de patients ayant bénéficié d’une greffe de rein. Soit cent trente et un volontaires et des milliers d’informations provenant d’échantillons de sang, d’urine et de biopsies de greffons, ces dernières permettant de déterminer de manière fiable si un patient présentait ou non un rejet.
« C’est la première fois que sont réunies des données biologiques aussi volumineuses et de natures aussi diverses, collectées de façon concomitante chez un même groupe de patients », explique Baptiste Lamarthée. Le recueil de ces informations s’est appuyé, de façon novatrice, sur plusieurs disciplines de la biologie, selon une approche multi-omique (voir encart).
Leur traitement a exigé une grande puissance de calcul numérique, aidée des compétences d’Alexis Varin, le bio-informaticien de l’équipe. Les données biologiques traitées par les algorithmes ont ensuite été couplées aux données cliniques des patients.
Cette analyse combinée a permis de dégager trois profils multi-omiques distinguant les patients et présentant un intérêt pour le diagnostic clinique.
Le premier profil met en évidence les différences entre deux types de rejet : l’un induit par des lymphocytes T, ces globules blancs spécialisés dans la défense de l’organisme, et l’autre par des anticorps, chargés de détecter et de neutraliser les agents pathogènes.
Le deuxième est associé à l’infiltration, dans le greffon, de macrophages qui, présents dans le système immunitaire, sont capables d’ingérer des particules étrangères à l’organisme. Le troisième témoigne de l’impact, des années après l’intervention, du traitement immunosuppresseur utilisé au moment de la greffe.
La mise en évidence de ces trois profils est en soi une avancée majeure pour la caractérisation des phénomènes impliqués dans le rejet de greffe.
Elle est aussi un point d’entrée pour des recherches en biologie de nouvelle génération, qui se concrétisent d’ores et déjà par trois thèses débutant à Besançon et à Dijon sous la direction de Baptiste Lamarthée et de Claire Tinel, dans la continuité de l’étude MOFA.
Génomique, protéomique, métabolomique, métagénomique, transcriptomique, les disciplines omiques permettent d’analyser les processus moléculaires à l’œuvre dans un tissu. En combinant des couches d’informations complémentaires, elles offrent une vue d’ensemble des gènes constituant l’ADN, des ARN messagers et microARN, des protéines et des métabolites, ainsi que des molécules régulatrices comme les cytokines. Contrairement à une lecture ciblée, ces approches fournissent un aperçu global et non supervisé1 du fonctionnement biologique, donnant la possibilité d’identifier chez un patient, de manière non invasive, des biomarqueurs associés à une maladie. Cette vision intégrative constitue un outil précieux pour le diagnostic et, par extension, pour la prévention des phénomènes de rejet du greffon.
