Dans l’Union européenne comme en Suisse, les OGM sont actuellement interdits à la culture et à la consommation humaine, et soumis à des réglementations très strictes pour la consommation animale. Ce cadre devrait s’assouplir avec une proposition de loi émise par le Parlement européen en février dernier, qui vise à accompagner le développement de nouvelles techniques génomiques, ou NGT selon leur abréviation usuelle, une avancée de premier plan en matière d’organismes génétiquement modifiés.
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Modifier le génome d’une plante est un moyen de rendre cette plante plus résistante aux aléas climatiques ou aux maladies, ou d’augmenter son rendement. Pour parvenir aux résultats voulus, la méthode classique consiste à introduire dans la plante un gène provenant d’une espèce différente, par exemple une bactérie, en raison des propriétés spécifiques qu’il présente et dont la plante est dépourvue. La nouveauté des NGT est qu’ils ont, eux, recours à un gène issu d’une plante appartenant à la même espèce que celle que l’on veut améliorer : un gène connu pour donner à une variété de maïs sa capacité de résistance aux pathogènes est transmis à une variété de maïs prisée pour son haut rendement, mais qui ne possède pas ce gène qui la ferait mieux résister aux maladies.
« On combine ainsi différentes propriétés des plantes. Le processus est comparable à celui du croisement des variétés, qui depuis des siècles amène à sélectionner les plus performantes. Mais avec les NGT, le résultat est beaucoup plus rapide », explique Daniel Croll, directeur du laboratoire de génétique évolutive de l’université de Neuchâtel.
Image CRISPR-Cas9 Genetic Scissors
Les nouvelles techniques génomiques sont rendues possibles par l’utilisation des « ciseaux moléculaires », une méthode révolutionnaire qui consiste à couper l’ADN à un endroit précis pour pouvoir remplacer une séquence génétique par une autre. Plus qu’un gène, c’est une portion de gène qui est concernée, ce qui explique aussi que la modification ait un faible impact sur le génome de la plante. Et, revers de la médaille, qu’elle soit très difficile à détecter.
Forte de son expertise en analyse de génomes, l’équipe de Daniel Croll participe au projet européen DETECTIVE qui vient de débuter pour quatre ans, et dont l’objectif est de fournir à l’Europe des tests appropriés pour la détection des NGT, en vue qu’elle puisse faire respecter la loi qu’elle adoptera en la matière.
« Les modifications sont très subtiles, elles portent sur quelques lettres de l’alphabet génétique. La Communauté européenne propose de classer ces modifications en deux catégories, qui pourraient chacune faire l’objet d’un cadre législatif particulier. » Un changement portant sur moins de 20 lettres dans un gène (NTG 1) n’engendrerait aucune restriction d’utilisation ; à l’inverse, une transformation au-delà de ce seuil serait soumise à législation (NGT 2). « Dans tous les cas, la détection des NGT est impossible avec les moyens techniques actuels. »
Pour mettre au point de nouveaux outils, l’équipe neuchâteloise effectue l’analyse du génome de différentes variétés de plantes, qu’elle couple à des outils d’intelligence artificielle, entraînant notamment les ordinateurs à reconnaître les NGT par machine learning. « Les résultats s’apparenteront à la détermination de probabilités qu’une plante comporte des séquences génétiques modifiées par NGT, plutôt qu’à une détection formelle. Parce que dans une même espèce, l’une améliorée par ce moyen et l’autre non, deux plantes restent toutes deux très naturelles et génétiquement presque semblables. »
