Quand quatre équipes de recherche mettent leur savoir-faire en commun, cela donne parfois lieu à des innovations très prometteuses. C’est le cas de CLIPP, une plate-forme protéomique unique en son genre, réunissant Francs-Comtois et Bourguignons, et dont les travaux ont séduit un géant de l’instrumentation scientifique.

La protéomique est la science qui étudie le protéome, c’est-à-dire l’ensemble des protéines d’une cellule ou d’un organisme. Mais pour assurer une analyse efficace d’un fluide biologique (sang, urine, extraits cellulaires), des outils précis sont évidemment nécessaires. Rendre la surface d’analyse suffisamment intelligente pour délivrer les informations spécifiques et seulement celles-ci, en occultant tout élément qui fausserait le diagnostic, c’est le cœur du travail mené à l’Institut FEMTO-ST à Besançon, au sein duquel Wilfrid Boireau dirige des recherches à l’interface de la physique et de la médecine. « Avec des physico-chimistes de l’Institut, spécialisés dans les nano et micro-instrumentations, nous avons mis en place un microdispositif capable de détecter et de capturer l’information », explique le chercheur. Mais à l’avenir, un niveau de décryptage de l’information supplémentaire sera nécessaire pour permettre aux cliniciens d’affiner le diagnostic ».

Une instrumentation ultime a alors été imaginée : celle de la spectrométrie de masse couplée à une biopuce — la spectrométrie de masse étant une technique de détection ultrasensible permettant de déterminer des structures moléculaires. « Cela nous semblait être une voie possible vers la discrimination, cela pouvait permettre de lever un verrou majeur ».

Une première internationale : des molécules traces décélées

Cette hypothèse peut idéalement être éprouvée au sein de la plate-forme CLIPP (pour Clinical and Innovation Proteomic Plateform) qui rassemble une trentaine de chercheurs et ingénieurs répartis sur quatre instituts : deux en Franche-Comté (FEMTO-ST, détenteur d’un vrai savoir-faire dans les biopuces, et l’IFR 133, spécialisé en ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire), et deux en Bourgogne (le laboratoire interdisciplinaire Carnot de Bourgogne et l’IFR 100, institut de biochimie médicale qui maîtrise la technologie de spectrométrie de masse). Emblématique du tout nouveau PRES (Pôle de recherche et d’enseignement supérieur rapprochant les universités des deux régions), CLIPP, copilotée par Wilfrid Boireau et Patrick Ducoroy, directeur de l’IFR 100 de l’université de Bourgogne, est unique en son genre et toute entière dédiée à une nouvelle instrumentation de protéomique clinique, dont le projet de couplage biopuce – spectrométrie de masse est une bonne illustration. « Toute l’information concentrée sur la puce est ainsi interrogée par la spectrométrie de masse, et nous sommes les premiers, au niveau international, à avoir pu identifier sans ambiguïté sur la puce des protéines traces », assure le chercheur bisontin.

Le développement envisagé par CLIPP est si prometteur qu’il a ouvert les voies d’un partenariat avec un géant de l’instrumentation scientifique : le groupe international HORIBA SCIENTIFIC, autour de la technologie SPRi (GENOPTICS). Les travaux destinés à être transférés portent sur des spots miniaturisés d’analyse (ou microarray, d’une dimension inférieure à 500 microns de diamètre), mais le challenge, lui, est de taille. À Besançon, FEMTO-ST vient de recruter un doctorant, Fabien Rémy-Martin, dirigé par Thérèse Leblois et Wilfrid Boireau, et dont la première tâche sera de prouver la pertinence du concept. Si les travaux s’engagent bien, une étude clinique devrait être lancée parallèlement d’ici dix- huit mois, et d’ici quelques années ce couplage biopuce – spectrométrie donnera lieu à une nouvelle génération d’instrumentation de diagnostic médical. Mais, chaque chose en son temps…