Préparation réactif qPCR. Photo © Laboratoire Chrono-environnement
On sait que des facteurs environnementaux peuvent favoriser l’asthme, que les prédispositions génétiques n’expliquent pas à elles seules la survenue et le développement de cette pathologie. Reste à identifier ces facteurs parmi des dizaines de champignons, bactéries, acariens et autres allergènes potentiels, et surtout à trouver quelle combinaison de ces facteurs peut être jugée responsable. Parce qu’on sait également que le fameux « effet cocktail » est la piste à privilégier plutôt que celle d’un seul facteur déclenchant. Une tâche immense, à laquelle s’attaquent microbiologistes, pneumologues et épidémiologistes dans une étude d’une ampleur à la mesure des ambitions : un programme de recherche national démarré en 2011, aujourd’hui poursuivi sous le nom d’EMBRASE, et adossé à la cohorte ELFE (Étude longitudinale française durant l’enfance), assurant le suivi de 18 000 enfants depuis leur naissance jusqu’à leurs dix-huit ans.
EMBRASE est coordonné par Laurence Millon, cheffe du service parasitologie et mycologie au CHU de Besançon et membre du laboratoire Chrono-environnement, où Gabriel Reboux et Steffi Rocchi sont également impliqués depuis plusieurs années dans ces recherches.
La microbiologie est la partie de l’étude qui les concerne directement : des prélèvements sont effectués dans les chambres des enfants au moyen de capteurs, sortes de lingettes électrostatiques capables de fixer l’ensemble des micro-organismes et des allergènes d’animaux présents dans l’air après dix semaines d’exposition. Les analyses sont réalisées selon deux techniques complémentaires, la PCR quantitative en temps réel (qPCR) et la métagénomique ciblée. 3 200 échantillons prélevés lors de la naissance des enfants, 1 900 à leur cinquième anniversaire, seront analysés par qPCR pour une quarantaine de cibles au total.
Deux groupes de soixante enfants, l’un d’enfants asthmatiques, l’autre de non asthmatiques, seront sélectionnés avec les informations récoltées par questionnaires à la naissance, à deux mois, un, trois et cinq ans auprès des ménages, et avec les événements de santé concernant les enfants. Pour ces deux groupes, une recherche quasi exhaustive des bactéries et champignons présents dans les échantillons de poussières sera effectuée par métagénomique ciblée. Ces inventaires seront comparés entre les deux groupes pour caractériser les « cocktails » favorables ou défavorables au développement des maladies allergiques. De cette foule d’informations complémentaires devraient émerger les facteurs environnementaux les plus caractéristiques liés à la survenue de l’asthme. L’objectif à terme est de mettre au point un dispositif portatif peu onéreux pour établir un diagnostic des logements et déterminer le risque qu’ils présentent pour le développement de cette maladie, qui touche plus de trois millions de personnes en France métropolitaine.
